Адміністрація Трампа та Гарвардський університет вступили в протистояння через поняття «різноманітність поглядів». Адміністрація звинуватила університет у її відсутності та вимагала зовнішнього аудиту. У відповідь Гарвард назвав це загрозою академічній свободі. Президент Гарварду, Алан Гарбер, підкреслив важливість забезпечення свободи висловлювань та різноманітності поглядів в університеті.
Шаббос Кестенбаум, 26-річний ортодоксальний єврей з Бронкса, став помітною фігурою в кампанії проти антисемітизму в провідних університетах Америки. Він звернувся до суду з позовом проти Гарварду, звинувачуючи університет у ігноруванні антисемітських проявів. Ця справа привернула увагу не лише громадськості, але й адміністрації Трампа, яка розглядає її як частину ширшої боротьби з «ідеологічним захопленням» університетських містечок лівими політичними силами.
Президент Гарвардського університету, доктор Алан Гарбер, має розбіжності з президентом Трампом з багатьох питань. Він вступив у юридичну боротьбу з федеральним урядом, який намагається позбавити Гарвард мільярдів доларів фінансування наукових досліджень та статусу неприбуткової організації.
Президент Трамп заявив у п'ятницю, що Гарвард втратить свій статус неприбуткової організації, повторивши свій намір залучити Податкову службу (I.R.S.) до своєї суперечки з цим заможним дослідницьким університетом. Він написав у соціальних мережах: «Ми збираємося позбавити Гарвард статусу неприбуткової організації. Вони цього заслуговують!».
Під час виступу перед випускниками Університету Алабами, Дональд Трамп закликав студентів не вважати себе занадто молодими для великих звершень, перш ніж перейти до теми тарифів. Він закликав їх «не намагатися бути кимось іншим», після критики належної правової процедури для неавторизованих іммігрантів. Він також застеріг їх від думки про себе як про жертв, перш ніж перейти до тверджень про «сфальсифіковані» вибори 2020 року.
Гарвард реорганізовує свій офіс різноманітності, рівності та інклюзивності (D.E.I.). Цей крок видається поступкою адміністрації Трампа, попри те, що університет подав на неї до суду, звинувачуючи у незаконному втручанні у справи закладу.
В електронному листі до спільноти Гарварду було оголошено, що офіс перейменовано на Офіс спільноти та життя кампусу. Це рішення наслідує подібні реорганізації в університетах по всій країні, які, схоже, спрямовані на заспокоєння консервативних критиків, що атакують офіси різноманітності, називаючи їх лівацькими фабриками ідеологічної обробки.
Провідні університети, які потрапили під пильну увагу адміністрації президента Трампа, різко збільшили свої витрати на лобіювання. Згідно з аналізом The New York Times, десять університетів, що стали об'єктом критики адміністрації, витратили 2,8 мільйона доларів на лобіювання у федеральному уряді в перші три місяці 2025 року. Це більше, ніж ці установи витрачали в будь-якому кварталі, починаючи з 2008 року. Федеральна робоча група, яка займається боротьбою з антисемітизмом у кампусах, у лютому розпочала розслідування щодо цих навчальних закладів.
Віденський студент другого курсу Гарвардського університету Карл Молден, дізнавшись про те, що адміністрація Трампа раптово відновила тисячам іноземних студентів можливість легально навчатися в Сполучених Штатах, заявив, що не відчуває себе впевнено. Зрештою, імміграційні чиновники наполягали на тому, що вони все ще можуть припинити легальний статус студентів, навіть в умовах судових оскаржень, а адміністрація охарактеризувала це питання лише як тимчасову відстрочку.
Нещодавно Сетураман Панчанатан, якого президент Трамп найняв керувати Національним науковим фондом п'ять років тому, подав у відставку. Він не назвав причини, але вона досить очевидна: минулими вихідними Трамп скасував понад 400 активних дослідницьких грантів ННФ і наполягає на тому, щоб Конгрес вдвічі скоротив бюджет агентства в 9 мільярдів доларів.
Гарвардський університет подав позов проти адміністрації Трампа через замороження мільярдів доларів федерального фінансування. Університет покладається на закон про адміністративну процедуру, який встановлює чіткі терміни для федеральних агентств щодо розробки правил та накладення санкцій. Цей закон вже використано в багатьох позовах проти адміністрації Трампа, включаючи скарги щодо скорочення фінансування Агентства США з міжнародного розвитку, місцевих шкіл та «Голосу Америки».